像散落在宇宙的玩偶，变成流星降落到地球上…… 随着时间流逝，现代。被命运选择的少年·礼堂光，得到了不可思议的“银河火花”。 那些变小了的怪兽和奥特战士再次被神秘的物体变回了原来巨大化的姿态。 同时又突然出现了凶恶怪兽和宇宙…

在尘沙飞舞的无法之都横滨，米丽杀死了恶势力首领杰克，成功地为丈夫和孩子报了仇。 有个叫春的美少女找到米丽，出重金请她为自己的恋人复仇。米丽冷意淡地说：“如果你真的喜欢他，就应该亲手去杀仇人。”然而，米丽最终还是放不下有着…

像散落在宇宙的玩偶，变成流星下降到地球上…… 跟着时候流逝，当代。被命运选择的少年·会堂光，获取了不成思议的“银河火花”。 那些变小了的怪兽和奥特兵士再次被神秘的物体变回了原来重大化的姿势。 同时又忽然出现了泼辣怪兽和宇宙…

接续前作《哥吉拉X机械哥吉拉》的故事，一年前与哥吉拉的决战，机龙受损程度37%，失去了右腕及终极武器——绝对零度炮。维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作。某日中条在他叔叔信一的别墅家渡假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出…