工藤新一，帝丹高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有…

时为战国——众多的战国武将们以天下为赌注，而不断持续战斗着。 拥有被誉为"战国最强"的骑马队的武田家最终灭亡，织田，德川等新势力逐渐抬头——仕官于武田家的兄长·信之，弟弟·幸村，这对年轻的真田兄弟也被卷入了新时代…