春天来临，迎来了新学期的主人公河野贵明，继续与换上夏季校服的众美少女们过着快乐校园的生活。

来自真新镇的10岁少年小智以成为精灵宝可梦训练大师为目标，即将踏上修行之旅。要知道，精灵宝可梦训练师与宝可梦在冒险时总是时时刻刻在一起，可以说是共同成长的伙伴。而且在共同的生活中产生的彼此的友情力量会让宝可梦在战斗中更加强…

跨越寒冬，好不容易终于来临的万物萌芽的季节。和从小玩到大的损友雄二一起度过的轻松高中生活，也迎来了一个新的阶段随着新季节的临近，有这样的感觉，原本认为不会改变的生活似乎在每天一点一点地变化着

有一天，千堂和树和中学时代就一直同班的高濑瑞希一起向另外一个同学九品佛大志所约定的地方前去。在车站那里等他们的大志带他去的地方竟然是有几千人在排队的地方。 原来，那里是“动画漫画游戏”的大会！漫画新刊展！在大志的“阴谋”…

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家…

当小智知道合众地区亦有神奇宝贝联盟后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而冒险随之而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的神奇宝贝以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。