主要剧情是讲立志成为神奇宝贝大师的小智，和皮卡丘一起踏上旅途。一路上，小智邂逅了不少同伴，劲敌，好友，和他们展开了一次又一次冒险。本次的故事发生在全新的冒险舞台——"合众地方"。其蓝本是第五代游戏（神奇宝贝黑白）…

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。立志成为神奇宝贝训练大师的小智胸中怀着新的理想，带者皮卡丘终于来到了芳缘地方在路上认识了刚成为神奇宝贝训练员的小遥和她…

立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着:'你们是最被看好，最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，邀…

在伊苏地区旅行的小智，一个接一个遇到新的Pokemon们以及全新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开Pokemon训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，Pokemon的终极进化！你从未见过的Poc…

小智和同伴们遇到了街头表演明星少女广美。广美是“水之民”的末裔，她能和水中的口袋怪兽交流。小智他们从广美那里听说，大海里有一座由水之民建造的“海之神殿”，里面藏着稀世珍宝“海之王冠”。这时，传说中的口袋怪兽援助员杰克突然…

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影…

“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝…

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在旅途中，小智们与正在寻找同伴的神奇宝贝索罗亚相遇，并一起结伴同行。 就在此时，被称为索罗亚克的神…