邪恶的奈落与犬夜叉一行的战争愈演愈烈，为了保护心脏不受伤害，他在白灵山分离出一个能洞察人类心灵的婴儿，并将心脏托其保管。在此之后，婴儿被某高僧砍作两半，变成白童子和赤子。当得知奈落心脏的重要性时，这两个同样邪恶的童子决定…

在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭…

蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类,妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次…

并称为“天下霸道三剑”的天生牙,丛云牙和铁碎牙分管天,地,人三界，当年全部为犬夜叉的父亲斗牙王所拥有。斗牙王与人类公主十六夜相恋，生下犬夜叉，此举惹来暗恋十六夜的武将刹那猛丸的嫉妒。身负重伤的斗牙王用天生牙救活被…

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领…

犬夜叉，戈薇，弥勒，珊瑚，琥珀众人随杀生丸等同行。杀生丸原本就对父亲将铁碎牙传给犬夜叉耿耿于怀，当领悟到父亲有意令冥道残月破融进铁碎牙时心中更是充满怨恨。正值此时，神无的白夜出现，将镜妖的碎片留下。杀生丸把碎片融入天生牙…

犬夜叉的父亲犬大将是一个优秀的大妖怪，拥有强大妖力的西国犬王。而犬夜叉的妈妈，则是人类的公主十六夜，柔弱却也坚强。也许犬夜叉不喜欢别人提起他妈妈的原因，便是半妖这回事吧。犬夜叉对自己半妖的身份一直很忌讳，是因为，半妖本就…

故事讲述了穿梭于现代与战国时代的戈薇与犬夜叉终于从神乐那里明白了宿敌奈落可称为要害的心脏所在，卷入了杀生丸以及拥有四魂之玉碎片的琥珀和钢牙。心生反叛奈落之心的神乐和魍魉丸等人暗中在行动，桔梗想要通过完成四魂之玉以消灭奈落…