摩尔庄园的天空树屋里，小鼹鼠摩乐乐和养父菩提大伯过着平静的生活。由于一次误会，摩乐乐错失了出国旅行的好机会，负气伤心的乐乐，突然收到一张看似意外的火车票。接着，他召唤来了一辆从天而降的列车。这趟神秘的列车究竟有着怎样的故…

摩尔庄园第三季是上海淘米公司根据其儿童页游《摩尔庄园》改编的动画片第三部，承接第二部讲述摩乐乐的有趣故事。