一位年轻的功夫高手准备在加勒比海的岛屿上展开巡回赛，他将在那里遇到十年前杀害他父亲的一个恐怖分子。

忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处,但史莱德同时也发现这一秘密,于是他们之间又展开了新一轮的战斗,而忍者神龟们也在战斗中得到了提高!

忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本,他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵,并夺回魔杖拯救纽约市!

在一段晦暗的日子里，云隐、雾隐和岩隐的忍者接连遭到神秘忍者的袭击，而从这些地方发来的通缉令全部指向了木叶村的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）。鸣人百口莫辩，最终被五花大绑，投入了“血狱”鬼灯城。鬼灯城地处大海中央的孤岛之上，四…

刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际…

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临…

Four mutant turtle brothers go on adventures where they end up tapping into mystic ninja powers.

曾经盛极一时的日本忍者因强迫解散消失无踪。而事实上，忍者至今依旧暗中存在，人数据说多达20万人。部分精锐忍者在国家级的对抗中负责执行秘密任务，相当活跃。不过另一方面，下级忍者却是经常拿不到工作，其中之一的云隐九郎也一样，过…