故事围绕原创角色——青年托雷纳·阿兰和其搭档喷火龙展开。“将百万进化进行到底，打倒所有的百万进化小精灵，站上最强之巅”，这就是阿兰踏上旅途的目的。一路上，他不断地与实现了百万进化的小精灵们战斗，后来他遇见了四天王海堂……

在伊苏地区旅行的小智，一个接一个遇到新的Pokemon们以及全新的口袋妖怪训练师们。以从未有过的速度展开Pokemon训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，Pokemon的终极进化！你从未见过的Poc…

述踏上新冒险之旅的小智与皮卡丘，还有小刚等，路途上遇见楚楚可怜的女性“艾莉丝”，并一同前往象征“时空之塔”的白杨镇，在那里将举办口袋妖怪华丽大赛。然而，最近在白杨镇出现一个来历不明的口袋妖怪，他会让人与口袋妖怪昏厥并产生…

在这世界反面存在着的,像镜子一样的不可思议的世界……「反转世界」.那里是只有基拉帝纳居住的特殊空间.以那反转世界为舞台,迪亚鲁加和基拉帝纳展开了激烈的战斗! 为什么两只小精灵会战斗起来…….反转世界惊人的秘密究竟是!? 在持续旅行…

达莫斯背叛了前来接受生命宝珠的圣灵兽，不仅私藏了宝珠，还让口袋妖怪向它发起攻击。多年之后，圣灵兽从沉睡中醒来。“审判的时刻到来了，”说着它展开了报复。整个市镇不断爆炸，被烟雾所笼罩。达莫斯的后裔希娜把生命宝珠还给了圣灵兽…

正在伊修地区旅行的小智与皮卡丘、艾莉丝以及丹特，来到了城中央有着大地之剑之称的小镇艾因多奥克。这座小镇曾经是很繁荣的大地之民的王国，但是现在衰落了。小智一行人参加了艾因多奥克举办的收获庆典，就在这个里它们遇到了梦幻般的小…

为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的时候，小智多次得到一个…

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