小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛，在路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上，来到这里刚好村民在举行祭典，在祭典上小智从芙萝拉的口中听到一个古老的传说，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将…

小智的口袋妖怪与炎帝展开了激烈的战斗，但终究是不禁K，幸亏此时为了帮助小智的喷火龙及时赶到，利用强大的火焰攻击与飞行能力不断攻击，但最终炎帝还是凭借着unknow神奇的力量打败了喷火龙，就在要解决喷火龙的一瞬，小莉终于醒悟阻止…

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内， 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。当他进入森林的时候，他遇见一个叫Mik…

在这个布满运河及迷宫的美丽水都，小智、比卡超以及一班好朋友遇到拥有不可思议力量的宠物小精灵拉帝欧斯和拉帝亚斯，这对感情非常要好的兄妹一直默默地守护著水都的秘宝「心之结晶」。但是，一对怪盗姊妹看上这件秘宝并开始进行抢夺行动…

捕抓到最惊人的宠物小精灵～Jirachi，一个能实现愿望的不可思议生物--以前在剧院从未看的全新宠物小精灵电影！ 只有在每一千年，当你在夜空时看见千年彗星时，便是 Jirachi从他的微睡中醒来的时候。这回，当他在旅行的马戏团中被唤醒时，…

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中…

持续旅行的小智皮卡丘一行，访问了流传着「波导传说」的城镇。在城市的中心奥兰多城，举行着数百年前使用了<世界创始之树>的力量中止纷争的 “波导之勇者——亚伦”的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获…

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在…