段正严为知摆夷人谋反实情，与阳慕华深进，并与乔装为王子的公主召波温了解，结为兄弟。而温婉贞于幕后捣乱欲害段誉，阳慕华合营段正严化解干戈，召波温盘桓于爱和任务之间不以本人。为段而死，温婉贞中断港尽潢……

蓬莱岛，相传为古时辰的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻觅蓬莱，以觅永生不老之方。岛上生在世人类、魔鬼和半妖，他们友善相处，自由安闲。为了避免半妖遭到危险，巫女奏行使神通使蓬莱岛潜躲起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次…

邪恶的奈落与犬夜叉一行的战争愈演愈烈，为了保护心脏不受伤害，他在白灵山分离出一个能洞察人类心灵的婴儿，并将心脏托其保管。在此之后，婴儿被某高僧砍作两半，变成白童子和赤子。当得知奈落心脏的重要性时，这两个同样邪恶的童子决定…

在某个朔夜，犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗，他们终于消灭这个邪恶的妖怪，漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整，随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程；法师弥勒的风穴消失，他返回寺庙拜祭…

蓬莱岛，相传为古时候的神之岛，秦始皇曾派徐福及三千童男童女寻找蓬莱，以觅长生不老之方。岛上生活着人类,妖怪和半妖，他们和睦相处，自由自在。为了防止半妖受到伤害，巫女奏使用法术使蓬莱岛隐藏起来，每隔50年才会伴着浓雾出现一次…

并称为“天下霸道三剑”的天生牙,丛云牙和铁碎牙分管天,地,人三界，当年全部为犬夜叉的父亲斗牙王所拥有。斗牙王与人类公主十六夜相恋，生下犬夜叉，此举惹来暗恋十六夜的武将刹那猛丸的嫉妒。身负重伤的斗牙王用天生牙救活被…

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领…

同シリーズの中でも数少ない長編「陰陽師 瀧夜叉姫」の初映像化となる本作。陰陽師・安倍晴明と彼の相棒である源博雅の前に最強の敵・平将門が立ちはだかる。死後20年を経て復活した将門の激しい怨念によって、都は滅亡の危機に。将門が…