在一个风和日丽的日子，草帽海贼团正悠闲地在海上航行。突然，天空中出现一个漂浮的小岛，娜美及时通知各位规避即将到来的龙卷风，她的能力引起了小岛上海贼的注意。这个海贼首领非同寻常，他名叫金狮子史基，在大海贼时代到来前曾和哥鲁…

在充满音乐的城市——加音町成长的北条响和南野奏是青梅竹马。但升上国中之后，两人见面时只有争吵。某天二人争吵中，从音乐王国「大调岛」来的精灵哈米出现了！为了阻止企图把将传说的乐谱中「幸福的旋律」变成「不幸的旋律」并危害世界…