柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士…

工藤新一是全国著名的高中生侦察，在一次清查黑衣人犯法团伙时不幸被团伙成员发明，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了时常援助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少特务武器。为了避免犯法团伙对他举行报复，新一决定…

19世纪末沉进新加坡近海，全球最大的蓝宝石“绀青之拳”，被当地的富豪看中想要收受接收，当他出现的时辰，却产生了杀人案。现场留下了怪盗基德的红色预告书。另一方面，为了鉴赏在新加坡举行的白手道角逐，小兰和园子一起来到了新加坡。…

舞台：大阪&京都，正在录制“皐月杯”百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台忽然产生爆炸，危在夙夜早晚之际，急遽赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人殛毙，监控器里所显示…

舞台：大阪&京都，正在录制"皐月杯"百人一首记者会的大阪地标·日卖电视台忽然产生爆炸，危在夙夜早晚之际，急遽赶来的柯南救出了被困在崩塌大楼中的平次与和叶，而另一侧，"皐月杯"冠军在京都屋内遭人殛毙，监控器…

早霞照映的海面上,漂浮着一艘装载着炸弹的谜一般的船只,这艘船就是一切的开端。京都的舞鹤口岸,日本海上自卫队正在举行可贵的搭乘宙斯盾遣散舰体验帆海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦察团等人被选,与全国各地群集来的孩子们一起登…

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗害。柯南追踪危险阿笠博士的凶手，他按照几起案件现场留下的线索发明凶手...

阿笠博士家的沐浴设备坏掉了，是以柯南、小兰和小哀一起往了混堂。柯南却在混堂里不慎滑倒并晕了曩昔。有两名希罕的男人自称愿意带柯南往医院，带柯南上了他们的车。其中一位面相泼辣、纹有纹身的男人名叫龙，另一位男人固然没有自报姓名…