有一天，全世界各地的小朋友面前出现了一种不可思议的卡片。使用这种卡片，可以在一个特殊的格斗空间召唤出一种叫做爆丸的怪兽进行对战。主角是位叫做小弹的男孩，在对战中的卡片里召唤出巨大的爆丸「独角巨龙」进行对战后，得知爆丸们的…

在第二季中，主人公空操弹马、丸藏兆治等熟悉的角色均悉数登场。新作讲述的是为了为爆丸们居住的星球夺回自由与和平，主人公与其它爆丸合力，解放被捉的爆丸，再集结成新的团队一起战斗的故事。