《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折…